Chez les personnes atteintes d’une tuberculose pulmonaire confirmée bactériologiquement et résistante à la rifampicine, les technologies ciblées de séquençage de nouvelle génération peuvent être utilisées pour analyser des échantillons respiratoires en vue de diagnostiquer une résistance à la bédaquiline, au linézolide, à la clofazimine ou à la streptomycine, plutôt que les tests phénotypiques de sensibilité aux médicaments basés sur une mise en culture.