En las personas con TB pulmonar resistente a la rifampicina confirmada bacteriológicamente, para diagnosticar la resistencia a la bedaquilina, el linezolid, la clofazimina y la estreptomicina, se pueden utilizar tecnologías de secuenciación de nueva generación dirigidas en muestras respiratorias, en lugar de las pruebas fenotípicas de sensibilidad mediante cultivo.